新中國成立后，共產黨接收了舊海關，收回了海關行政管理權和關稅自主權。1950年12月，政務院總理周恩來和海關總署署長孔原聯名簽發了《關于設立海關原則和調整全國海關機構的指示》，明確：“嚴格以獨立自主精神，根據國家經濟情況的需要，在應開放對外貿易的地方設立海關機構。”而后隨著社會和經濟的發展，1987年1月22日經中華人民共和國第六屆全國人民代表大會常務委員會第十九次會議審議通過的《中華人民共和國海關法》第三條進一步明確，“國務院設立海關總署，統一管理全國海關。國家在對外開放的口岸和海關監管業務集中的地點設立海關。海關的隸屬關系，不受行政區劃的限制。海關依法獨立行使職權，向海關總署負責。